Hay varios malware tipos de troyanos (en especial el MSIL/Gancer.A) y gusanos que infectan tu memoria usb o pendrive y hace que todos tus trabajos se desaparezcan o te los convierten en shortcut.
La mejor forma de eliminar este virus es desde la consola de comandos (cmd), para entrar a la consola de comandos haga lo siguiente:
1. Escriba en la barra de búsqueda de windows lo siguiente: cmd y de un clic derecho a icono de command prompt y entre como administrador, en windows 10 de un clic derecho a logo de windows y de un clic regular a command prompt (Admin)
2. Una vez dentro de la consola de comando tienes que cambiar de la unidad principal a la unidad donde esta el pendrive por ejemplo: escribes E (la letra de la unidad puede variar): y luego enter en caso que el pendrice este en esa unidad. Si no sabes en donde esta tu pendrive usen la tecla windows + la letre E
3. una vez dentro de la unidad haga lo siguiente:
Para eliminar el virus que no te deja ver los documentos escriba el comando:
attrib *.* -r +a -s -h /s
y luego presione enter. Tus archivos aparecerán de nuevo
Para eliminar el virus que te convierte los archivos en shortcut escriba el comando:
attrib -s -r -h /s /d
Debes escanear con el antivirus todo pendrive que inserte a tu computadora antes de abrirlo.